浅层砂过滤器正式投运前，需要检查设备阀门、管路、自控系统是否正常，确认滤料装填高度符合设备设计要求，不得随意增减砂层厚度。初次启动浅层砂过滤器时，应当缓慢开启进水阀门，控制进水流量平稳上升，严禁一次性全开阀门造成水流冲击，防止滤料被水流冲乱、流失。同时打开排气阀排出罐体内积存空气，避免气堵现象导致过滤流量不足、压差监测不准，待排气口出水稳定无气泡后，关闭排气阀进入正常过滤模式。
浅层砂过滤器正常过滤阶段，需要定时巡检并记录进出口压差、进水流量、出水浊度等关键参数，以此判断浅层砂过滤器的过滤工 况。运行期间要严格控制进水水质，进水大颗粒杂物、大量油污需要提前做预处理，防止油污包裹砂粒造成滤料板结，一旦出现滤料板结，反冲洗将无法有效恢复过滤能力。同时介质温度、运行压力不能超过浅层砂过滤器壳体额定参数，超压运行会损坏罐体、阀门与自控组件，带来设备安全隐患。
浅层砂过滤器进入反冲洗阶段，要密切观察反冲洗流量、排污出水状态。反冲洗由压差或者时间信号触发，不可频繁强制手动启动反冲洗。反冲洗强度需要保持在设备设定范围，反冲洗水流过大容易带走石英砂滤料，水流过小则无法把砂层截留的杂质冲洗干净，过滤能力难以复原。多罐并联的浅层砂过滤器系统，反冲洗要做到单罐依次冲洗，禁止多个罐体同时反冲洗，避免造成系统水量、压力大幅波动，影响其他用水单元。
浅层砂过滤器长期运行过程中，需要关注滤料损耗情况，定期查看排污口有无大量砂粒排出，每年择机检查砂层厚度，出现滤料流失及时补充同规格石英砂。自控阀门、电磁阀、压力传感器要定期校验，防止信号失灵，出现该反洗不反洗或者误触发反洗的问题。如果浅层砂过滤器需要短期停机，保持罐体内存水，避免滤料风干开裂；长期停机需要排空罐体，清理滤层内淤积杂质，做好设备防护。
浅层砂过滤器运行时还需要做好安全管理，检修操作前必须关闭进出水阀门并泄压，严禁带压开盖检修。每次巡检、反冲洗、滤料补充都做好运行记录，方便后续分析工况变化，提前预判设备隐患。规范落实浅层砂过滤器各项运行要求，既能保障出水水质达标，又能减少滤料损耗、降低设备故障概率，延长浅层砂过滤器整体使用寿命。
